ในขณะที่ฮารุกะ หรือ Amazon omega กำลังเดินทางเพื่อหลบไๆซ่อนๆอยู่นั้นเองฮารุกะก็ได้ผอยหลับไปจากความเหนื่อยล้าก่อนรู้สึกตัวอีกทีว่าโลกที่เค้าอยู่มันไม่เหมือนเดิม

เรื่องราวของ มาโคโตะ เด็กหนุ่ม อายุ 15 ปี ที่ไม่มีจุดหมายเขาเเค่อยากจะอยู่กับ pokemon ที่ตัวเองรักไปวันๆก็เเค่นั้น เเต่อีกใจนึงเขาก็ยังอยากจะ battle ทำให้เรื่องราวการผจญภัยได้เริ่มต้นขึ้น