โลกที่เต็มไปด้วยอันตรายจากอาคมมนต์ดำ ภูต ผี และวิญญาณร้าย มนุษย์เลิกได้ลงความเห็นจัดตั้งหน่วยงานเพื่อรับเรื่องและแก้ไขปัญหาเหล่านั้น หน่วยงานนั้นมีชื่อว่า แพทยาคม

หลังการประกาศชัยชนะของซาโตชิในการแข่งขันโปเกม่อนเวิลด์แชมป์เปี้ยนชิพ ก็เป็นการเริ่มต้นใหม่ของการเดินทางของยุคสมัยใหม่