ดาร์คไซไฟแฟนตาซีย้อนยุค บนโลกแห่งความลี้ลับของพลังเวทมนตร์ ปฏิวัติของเครื่องจักรกลไอน้ำและพลังงานไฟฟ้า บนโลกที่มนุษย์ทุกคนเสี่ยงต่อวิกฤตการณ์ผันเปลี่ยนทางด้านพันธุกรรม

เรื่องราวเกิดขึ้น ณ ก่อนเหตุการณ์ในเกมส์, ถึงครั้งแรกที่ 2B ต้องทำในสิ่งที่เธอจะไม่มีวันลืมและการจับตามองสถานการณ์จากภายในฐานบังเกอร์ของเหล่าเครื่องจักร.

จากกรงขังแห่งความทรงจำ, ผ่านมุมมองของเด็กน้อย 9S, การห้วนคืนของความทรงจำอันโหดร้าย, หลงในเส้นสายของโชคชะตาที่รอพวกเขาอยู่. จะเกิดอะไรขึ้นกับ 2B และ 9S? เทพเจ้ากำเนิดจากขุมนรก, P-33 ฟื้นคืนชีพ.

เรื่องราวของ 2B, 9S และ A2 ยังไม่ได้จบลงแค่ในเกมส์. NieR Automata Concert นั้นกล่าวถึงเบื้องหลังและอนาคตที่รออยู่ของพวกเขาเหล่าแอนดรอย.