วันธรรมดาๆที่จะเริ่มไม่ธรรมดา เมื่อแต่ละโลกต่างมีหน้าจอขึ้นมามันคือมหาศึกประลองตัวแทนจากโลกต่างๆ ชนะคือรอด แพ้คือสลายหายไปตลอดการ

จะเป็นยังไงหากเหล่าตัวละครอนิเมะใช้ชีวิตกันแบบสบายๆในโลกแห่งอนิเมะที่ตัวละครอนิเมะทุกเรื่องใช้ชีวิตกันอยู่ที่นี่ทั้งตัวดีและตัวร้าย

ความจริงที่ไม่มีวันได้เปิดเผยทั้งอดีต ปัจจุบัน อนาคตของแต่ละโลก กำลังจะถูกเปิดเผยจากหน้าจอปริศนาที่ปรากฎขึ้นมาในแต่ละโลก และการตอบคำถามจากเด็กนักสืบที่ชื่อโคนันด้วย

ในประเทศญี่ปุ่นที่เต็มไปด้วยพลังพิเศษมากมาย ทำให้เกิดสิ่งที่เรียกว่าศึกดวลพลังพิเศษขึ้นมา เพื่อหาแชมป์ผู้มีพลังพิเศษที่แข็งแกร่งที่สุดในญี่ปุ่น ชิโอะมีพลังเพลิงได้เข้าร่วมศึกดวลด้วยและเจอพวกพ้องมากมาย

อารามะ โทคาซุ ชายที่เกลียดการแบ่งชนชั้น การกดขี่ข่มแหง ความไม่ยุติธรรม เขานั่นได้มาเข้าเรียนที่ห้อง3-Eที่เป็นห้องเรียนตกอันดับ เรื่องราวในวัยเรียนของเขากำลังเริ่มต้นขึ้นแล้ว

ริมุรุได้รับใบสมัครเรียนให้เรียนที่ห้องเรียน3-Eเพื่อลอบสังหารสิ่งมีชีวิตความเร็ว20มัคอย่างอาจารย์โคโระ ความวุ่นวายจึงเกิดขึ้น

อิโตนะ นักเรียนของห้อง3-Eที่ชอบประดิษฐ์สิ่งของต่างๆ กับ ริทสึ นักเรียนA.I.ที่มีนิสัยน่ารักเหมือนสาวๆคนอื่นในห้อง3-E ถึงแม้ทั้งสองจะไม่ค่อยสนิทกันมาก แต่พอทั้งสองอยู่ด้วยกันไปนานๆ ก็เริ่มมีใจให้กันแล้ว

ชิโด้และเหล่าภูตสาว ต้องมาเรียนที่ห้องเรียน3-E ตามภารกิจของโคโทริ ที่โคโทริมอบหมายภารกิจให้ชิโด้กับเหล่าภูตสาว มาเรียนที่ห้อง3-Eและลอบสังหารอาจารย์โคโระไปพร้อมกับคนอื่นๆในห้องเรียน3-Eนี้

จู่ๆเหล่าตัวละครจากห้องเรียนลอบสังหารอย่างนักเรียนห้อง3-Eกับอาจารย์ห้อง3-Eอีก3คน จู่ๆก็ถูกวาร์ปมายันโรงละครปริศนาโดยใครบางคนและพวกเขาก็ต้องดูเรื่องราวของนางิสะในโลกคู่ขนานต่างๆ

เมื่อมอนสตัดท์ หลีเยว่ อินาซึมะ สุเมรุ และ ฟอนเทน ได้จัดการแข่งประลองศึกประลองแห่งเทย์วัตมาสู้กัน บางคนก็สู้กับคนจากเมืองอื่น บางคนก็สู้กับคนจากเมืองตัวเอง เพื่อหาผู้ชนะเพียงหนึ่งเดียวนั่นเอง

สองประเทศที่มีอารยธรรมมาอย่างยาวนาน แต่ประเทศเกมที่อยากครอบครองอารยธรรมประเทศอนิเมะ จึงจะนำทัพไปบุก แต่ประเทศอนิเมะไม่ยอมและเสนอให้จัดมหาศึกอนิเมะชนเกมตัดสินกันไปเลย

ทาอุ ผู้ที่ต้องการครอบครองจักรวาลหลักต่าง ๆ จึงเดินทางรวบรวมลูกน้องที่เป็นตัวละครเหมือนจักรวาลหลัก จากโลกคู่ขนานอื่นที่เป็นด้านชั่วร้าย เพื่อทำการทำสงครามกับโลกหลักต่าง ๆ โดยการส่งลูกน้องไปยันโลกหลัก

เมืองมอนสตัดท์ เมืองแห่งอิสระภาพ แต่กลับไม่มีละครเวทีเลย เอเธอร์จึงมีไอเดียในการสร้างละครเวที และ นั่นก็เป็นจุดเริ่มต้นของละครเวทีแห่งเมืองอิสระภาพแห่งนี้นั่นเอง

กลุ่มโจรสลักราคัส กลุ่มโจรสลัดที่มีความอันตรายมากที่สุดๆ และถูกสมควรให้หายไปมากที่สุดๆ เพราะทุกคนในกลุ่มคือผู้ใช้พลังผลปีศาจสายโซออนกันทั้งนั่นเลย และยึดปกครองประเทศอิชิจากราชาดารุอีกด้วย

เมื่อเหล่าอาจารย์และนักเรียนจากโรงเรียนไสยเวทย์ ต้องมาเป็นครูฝึกสอนให้กับนักเรียนห้องเรียน3-Eที่ตกอันดับ และ ต้องทำภารกิจลอบสังหารอาจารย์โคโระด้วย

เหล่าภูตตนใหม่ได้ปรากฎตัวขึ้นมา หน้าที่ของชิโด้ก็คือผนึกพลังของภูตด้วยการจูบและพาไปออกเดท แต่รอบนี้ภูตเหล่านั่นกับเก่งมากกว่าภูตตนไหนๆที่ชิโด้เคยผนึกพลังของภูตมาซะอีก

คารุมะ กับ ริโอะ คู่หูคู่แกล้งประจำห้อง3-E แต่ทั้งสองพอได้แกล้งคนในห้องไปด้วยกันนานๆ ทั้งสองก็เริ่มชอบกันและกัน จากคำว่าคู่หูคู่แกล้ง กำลังจะแปรเปลี่ยนเป็นคำว่าคู่รักซะแล้ว

อุคิโยะ เอย์สึ ฉายา เอซ หรือ มาสไรเดอร์กีทส์ได้รับภารกิจเกมใหม่เพียงคนเดียวจากสึมุริ นั่นก็คือการไปโลกของห้องเรียนลอบสังหาร เพื่อลอบสังหารอาจารย์โคโระนั่นเอง หากทำสำเร็จ จะสามารถขออะไรก็ได้นั่นเอง

คำว่ามิตรภาพจะไม่มีอีกต่อไป เมื่อความต้องการนักเรียนห้อง3-Eนั่นไม่เหมือนกัน ทำให้เกิดการแบ่งฝ่ายเกิดขึ้น ฝ่ายที่ต้องการฆ่าที่เข้าร่วมกับรัฐบาล ฝ่ายไม่ฆ่า ฝ่ายพิทักษ์อาจารย์โคโระ