เรื่องราวได้เริ่มขึ้นเมื่อ TITANUS GOJIRA ราชันย์แห่งสัตว์ประหลาดและผู้รักษาความสมดุลของธรรมชาติจากจักรวาล MONSTERVERSE ต้องมาอยู่ในโลกของ HONKAI IMPACT 3

"มันจะเป็นยังไง ถ้าหาก GAMERA อสูรผู้พิทักษ์จะต้องร่วมมือกับเหล่าเสาหลักนักล่าอสูร และอาจเป็นความหวังสุดท้ายของตระกูลอุบุยาชิกิ ในการต่อกรราชาอสูร, เหล่าอสูรข้างขึ้น รวมถึงเหล่าไคจูที่ชั่วร้ายทั้งมวล"

เมื่อ “โทโมโกะ อายะ” ต้องมาจบชีวิตลงอย่างไม่คาดฝันขณะกำลังดื่มด่ำกับโลกของเกม โดยเป็นเรื่องที่ไม่ได้ตั้งใจของระบบปริศนา… เพื่อเป็นการขอโทษ เธอจึงได้เกิดใหม่พร้อมสกิลแห่งพระเจ้าในโลกแห่งเกม “ARK”

นี่คือการครอสโอเวอร์กันระหว่างมหัศจรรย์สาวน้อยร้อยหน้ากับสงครามหุ่นยนต์จากยุคแห่งสัตว์ร้ายที่ไม่น่าเกิดขึ้นได้ แต่ตอนนี้มันได้เกิดขึ้นแล้ว!

มันจะเป็นเช่นไร เมื่อ "ราชินีแห่งมฤตยูดำ" ที่เคยถูกเล่าขานและเชื่อว่าตายไปพร้อมกับการล่มสลายของอาณาจักรที่เคยยิ่งใหญ่ กลับมาโผล่ยังในดินแดนของแฟรี่เทล