มันเริ่มขึ้นแล้วกับปฎิบัติการ Operation Zector Era กับกลุ่มอาณานิคมกลุ่มหนึ่งในตะวันออกกลางมีกลุ่มคนที่ไม่ยอมรับการปกครองและกดขี่ของบริทาเนีย พอกันทีกับการกดขี่นี้ เริ่มต้นขึ้นได้ Operation Zector Era

กล่าวถึงอิจิกะ โอริมูระ ที่เดิมที่เขาจะได้บังเอิญเข้าไปพบกับเครื่องจักรกล IS หลังการสอบเข้าม.ปลายตามเส้นเรื่องหลักของ IS แต่ครั้งนี้เขากลับโดนแสงสีเขียวประหลาดเรียกหา มันจะนำพาเขาไปเจอกับสิ่งใดกัน...