เรื่องราวของตัวละครเอกที่พบว่าตัวเองนั้นจู่ๆก็ได้กลายมาเป็นโปเกม่อน ความทรงจำที่สูญเสียไป ปริศนาบนโลกที่เต็มไปด้วยโปเกม่อนพูดได้ การต่อสู้เพื่อฝึกฝน และการออกเดินทางเพื่อค้นหาความจริง