มิชิโอะ โคสึเกะ สุดยอดนักเรียนมัธยมปลายเกมเมอร์ได้ฟื้นขึ้นมาในสถานที่ที่ไม่รู้จัก และเขาก็พบกับสุดยอดนักเรียนอีก 15 คน ที่ถูกจับมาที่นี่เช่นเดียวกัน 2ใน 15 คนนั้นคือ คีโบ และ อามามิ รันทาโร่

จะเป็นยังไงกันนะ? ถ้าเกิดมีเด็กสาวโอตุคุสองคนข้ามมิติเข้าไปยังโลก danganronpa v3 แล้วเปลี่ยนแปลงเนื้อเรื้องของมัน เรื่องราวสุดป่วนกำลังจะเริ่มต้นขึ้นแล้ว

จะเป็นยังไงกันนะ? ถ้ามีด็กสาวโอตาคุสองคนเข้าไปเรื่องผ่าพิภพไททัน และเปลี่ยนแปลงเนื้อเรื่องของมัน...

นักเรียนรุ่นที่79 ห้องC ซึ่งเป็นรุ่นเดียวกับพวกไซฮาระ ได้เข้าร่วมกับรากฐานแห่งอนาคต เพื่อช่วยเหลือเพื่อนๆที่ถูกจับไปเข้าร่วมเกมฆาตกรรม การต่อสู้ของจุดสิ้นสุดได้เริ่มต้นขึ้น ณ บัดนี้แล้ว

โลกนี้น่ะ...มันสิ้นหวังไปตั้งนานแล้วล่ะ

"ทำไม...ทำไมพวกเราถึงต้องมาเจอเรื่องแบบนี้ด้วย ทั้งเกมฆาตกรรม ศาลชั้นเรียน การประหารชีวิต แล้วเราจะรอดออกไปจากที่โรงเรียนปิดตายแห่งนี้ได้ไหมนะ?"

ในขณะที่พวกมิชิโอะ โคสึเกะ และเมกุมิ เรย์กำลังเล่นเกมฆาตกรรมอยู่นั้น สุดยอดนักเรียนอีก 16 คนที่เหลือ ก็กำลังเผชิญกับชะตากรรมเดียวอยู่เช่นกัน...