เนื้อเรื่องจะเกิดขึ้นต่อจากเหตุการณ์ในซีรีย์ อุลตร้าแมนไดน่าเป็นเวลาหลักร้อยปี จนมนุษย์โลกสามารถทำการค้ากับมนุษย์ต่างดาวได้เป็นว่าเล่นและได้กำเนิดทายาทแห่งแสงคนใหม่ขึ้น

โกได ไคโตะเด็กหนุ่มไร้อัตลักษณ์ทีได้ถูกโชคชะตานำพามาให้พบกับเข็มขัดเส้นหนึ่งที่ถูกทิ้งไว้ในถังขยะในระหว่างการเดินทางไปสอบเข้าโรงเรียนU.Aไคโตะได้เก็บมันไว้และไม่รู้เลยว่ามันทำให้เขาพบกับศัตรูที่น่ากลัว