เมื่อโลกแห่งจินตนาการถูกรุกรานโดยผู้ไม่หวังดีและไวรัสปริศนา ครอบครัวNOVA ผู้ปกครองโลกกึ่งจินตนาการ"Megah0me" จึงต้องเข้ามาเกี่ยวข้องกับเรื่องนี้

เมื่อโลกถึงถูกเชื้อโรคปริศณา ทำให้มนุษย์ส่วนใหญ่ของโลกนั้นล้มตายและกลายเป็นสัตว์ประหลาด จึงเกิดโปรเจค"m.r.d.a"เพื่อรวบรวมผู้มีภูมิคุ้มกันต่อโรคมาดัดแปลง เพื่อเป็นความหวังต่อมนุษยชาติ

ในโลกของTouHou ได้เกิดเหตุการณ์ที่ทำให้ทุกคนมุ่งตรงไปที่ Yaki ตัวตนที่เกิดมากับ คำสาปที่จะนำ Gensokyoไปสู่ความหายนะ เขาจะกลายเป็นผู้ทำลายล้างจริงหรอ?(remake)