"คินาวะ ทาคาชิ" อาจารย์ของโรงเรียนซากุงาวะ ผู้ซึ่งเป็น "แอนตี้สกิล" เจ้าหน้าที่พิทักษ์กฏหมายแห่งเมืองการศึกษา ที่ต้องมาเจอกับคดีของวายร้ายคนใหม่ ที่จะทำให้ทั้งเมืองนี้ถึงจุดจบ...

เมื่อนักสืบจิ๋ว “เอโดงาวะ โคนัน” ได้เดินทางมาที่เมืองแห่งการศึกษา และได้เกิดคดีฆาตกรรมขึ้น เขาจึงต้องไขคดีปริศนานี้ ร่วมกับเลเวล 5 อันกับที่ 3 อย่าง “มิซากะ มิโคโตะ” เพื่อหาตัวคนร้ายคนนี้ให้จนได้

มิซากะ มิโคโตะ(Misaka Mikoto) สาวมัธยม พลังไฟฟ้า เลเวล 5 แห่งเมืองการศึกษา ได้หลุดเข้าสู่อีกมิตินึง ซึ่งโลกในมิตินี้ ถูกเรียกว่า "Teyvat" การเดินทางในดินแดนใหม่จึงเริ่มขึ้น

"ฮิมาซากิ ซาโตชิ" เลเวล 0 นักเรียนของโรงเรียนมัธยมต้นซากุงาวะ ชั้นปี 3 ที่ต้องมาเป็นรุ่นพี่ให้กับ "ซาเต็น รุยโกะ" ที่อยู่ปี 2 จนกระทั่งทั้งสองเป็นเพื่อนสนิทและช่วยกันไขคดีในเมืองแห่งการศึกษานี่

“คินาวะ ยูคาริ” เจ้าหน้าที่พิเศษ MTF ที่ต้องมาทำร่วมกับ “โคบายาชิ คาเคะรุ” คู่หูผู้มีความลับซ่อนอยู่ ร่วมกับทำภารกิจ ค้นหา,กักกัน,ป้องกัน เหล่าสิ่งเหนือธรรมชาติพร้อมทั้งสืบหาความจริงของคู่หูของเธอ

วันนึงใน"เมืองแห่งการศึกษา" ได้เกิดมีไวรัสปริศนาที่เปลี่ยนผู้คนในเมืองให้กลายเป็นซอมบี้ แต่เมื่อสืบค้นลงไปลึกขึ้น พบว่ามันเป็นไวรัสตัวเดียวกันกับที่เกิดขึ้น ใน"เมืองแรคคูนซิตี้" เมื่อหลายปีก่อนนั่นเอง

“คาวาซาโนะ เดน” หนุ่มวัยรุ่นผู้มีควาฝันจะเป็นนักแต่งเพลงที่มีชื่อเสียง แต่เพราะโชคชะตาไม่เข้าข้าง เขาจึงต้องหาทางตามฝันในโตเกียว เมื่อกำลังจะหมดหวัง เขาก็ได้พบกับวงที่จะทำให้เขากลับมามีหวังอีกครััง!!!

เมื่อวงไอดอลดูโอ้หนุ่ม ม.ปลายอย่าง LIP×LIP และ “ซูซูมิ ฮิโยริ” ผู้จัดการฝึกหัดของพวกเขา ได้มีโอกาส มุ่งหน้าไปแสดงโชว์ในต่างประเทศพร้อมกับวงไอดอลอื่นๆอีกมากมาย เรื่องราวอันใหม่ของพวกเขาจึงได้เริ่มขึ้น!