ในปี 2087 หลังจากดันเจียนสุดท้ายถูกปิดฉากลง โลกมนุษย์ก็กลับมาปกติสุขอีกครั้ง ไซลัส เจ้าหน้าที่เอสเปอร์ที่กำลังจะปลดประจำการก็ได้รับภารกิจสุดเร่งด่วน "ตามหาไกด์คลาส S คนสุดท้าย"