สิ่งสำคัญในการต่อสู้นั้นก็คือสกิล เพราะว่าสกิลนี้ถือว่าเป็นทีเด็ดและหัวใจสำคัญของ Pocket Ninja เลยก็ว่าได้ และใน Pocket Ninja นั้นจะมีสกิลให้เลือกใช้อยู่มากมาย โดยจะแบ่งออกเป็นสายต่างๆ ได้ 10 สาย
- ninja
- naruto
- pocket
- pockie ninja
- นารูโตะ
- นินจา
- ป๊อกเก็ตนินจา
- ป๊อกกี้นินจา
- เกมส์นินจา